MVA-koden styrer hvordan en bokført post behandles i MVA-meldingen. Vanlige koder er 1 for høy sats 25 prosent inngående, 11 for høy sats utgående, 13 for lav sats 15 prosent utgående, 14 for nullsats eksport, og 20 for omvendt avgiftsplikt på tjenester fra utlandet. Hver kode mappes til en linje i MVA-meldingen, og feil kode gir feil i meldingen og avvik mot konto 2740 ved avstemming. Den enkleste sikringen er å koble standard kode til hver konto i kontoplanen, slik at byrået bare må vurdere kode på avvikende bilag. Klassiske fallgruver er reise og bevertning som ofte feilbokføres med høy sats, og utenlandske SaaS-fakturaer som glemmes som omvendt avgiftsplikt.