MVA-grunnlaget er det beløpet som avgiften beregnes på. For et normalt salg er grunnlaget netto fakturasum eksklusiv MVA. For import av varer er grunnlaget tollverdien pluss transport og andre tilleggskostnader. For naturalytelser i lønn kan grunnlaget være forskjellig fra utgiftens nominelle verdi. I MVA-meldingen rapporteres grunnlaget per kode i tillegg til selve avgiftsbeløpet, slik at Skatteetaten kan kjøre kontroller mot omsetningsutviklingen i SAF-T-eksporten. Et avvik på over 20 prosent mellom termin og rullerende tolv-måneders snitt er den vanligste utløseren for at Skatteetaten ber om utdypning. Byrå som kjører anomali-deteksjon mot grunnlaget internt før innsending kan svare på spørsmål før de stilles.