Hovedboken er kjernen i regnskapssystemet. Hvert bilag som bokføres legger en eller flere linjer i hovedboken, sortert per konto. Sammen utgjør disse linjene grunnlaget for både saldobalanse, resultatregnskap, balanseregnskap og SAF-T-eksport. Hovedboken må være sammenhengende, uten hull i bilagsnummerering, og hver linje må ha en motkonto. Skatteetaten har rett til å be om eksport av hovedboken for hvilken som helst periode, og en velorganisert hovedbok er det enkleste signalet på at byrået har orden i sysakene. Moderne regnskapssystemer fører hovedbok automatisk, men byrået er fortsatt ansvarlig for at bilag bokføres med riktig konto, kode og periode.